Vodíkové kompresory se dodávají v různých typech, včetně membránových, pístových, rotačních, šroubových a turbínových. Vhodný typ se vybírá na základě průtoku, tlaku sání a tlaku výfuku. Pístové kompresory mají velký průtok, s jednostupňovým{2}}kompresním poměrem obvykle mezi 3:1 a 4:1. Membránové kompresory rychle odvádějí teplo a proces komprese je blízký izotermickému, což umožňuje vyšší kompresní poměry až 20:1. Vzhledem k jejich menšímu průtoku se však používají hlavně v aplikacích vyžadujících vyšší tlak vodíku, ale nižší průtoky.
Obecně platí, že kompresory s tlaky pod 30 MPa jsou typicky pístové kompresory, protože zkušenosti prokázaly jejich vysokou spolehlivost a lze je použít samostatně ve vícestupňových kompresorech. Pro tlaky nad 30 MPa a menší objemové průtoky lze zvolit membránové kompresory. Výhodou membránových kompresorů je jejich spolehlivé utěsnění pod vysokým tlakem: protože těsnící strukturou jejich plynové komory je membrána vložená mezi hlavu válců a blok válců, zajištěná hlavními šrouby pro vytvoření statického utěsnění, které zajišťuje, že nedochází k úniku plynu. Kromě toho je membránová komora uzavřena, což zabraňuje kontaktu s jakýmikoli kapičkami oleje, olejovou mlhou nebo jinými nečistotami, což zajišťuje, že přiváděný plyn není během komprese kontaminován vnějšími faktory. To je zvláště výhodné pro aplikace vyžadující vysoce čistá média. Konstrukce vodíkového kompresoru zahrnuje základní součásti (jako je kliková skříň, klikový hřídel, ojnice atd.), součásti bloku válců, součásti plunžru, součásti chladiče, bezpečnostní ochranné a řídicí systémy a další pomocné součásti.