Vodíkové kompresory lze na základě jejich principu činnosti rozdělit do dvou typů: objemové a dynamické, přičemž objemové kompresory jsou nejběžnější. Objemové kompresory se dále dělí na kompresory s vratným pístem a rotační kompresory. 1. Kompresory s vratným pístem mění pracovní objem plynu vratným pohybem pístu ve válci; pístové kompresory mají dlouhou historii a vyspělou výrobní technologii. 2. Mezi rotační kompresory patří lopatkové rotační kompresory (s posuvnými lopatkami) a šroubové kompresory. Většina domácích klimatizací používá rotační kompresory; šroubové kompresory se používají hlavně ve velkých chladicích zařízeních a jsou také široce používány ve velkých nákupních centrech a kancelářských budovách.
Stejně jako jiné plyny může být vodík stlačován pomocí pístových nebo odstředivých kompresorů, aby byly splněny požadavky procesu. V každé typické aplikaci by měl být typ kompresoru určen na základě průtoku vodíku a požadovaného tlaku. U velkých a středních- hydrokrakovacích jednotek se pro nový vodík používají pístové kompresory, zatímco pro cirkulaci vodíku se používají odstředivé kompresory.